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En 1879, Alem fue nuevamente elegido diputado provincial junto a Roque Sáenz Peña: obtuvieron 2073 votos (Cabral,229). Desde ese lugar se opuso activamente a la federalización de la Ciudad de Buenos Aires, enfrentándose a José Hernández en un famoso debate parlamentario. Poco después de federalizarse Buenos Aires, el 15 de diciembre de 1880, Alem, que representaba precisamente a la ciudad de Buenos Aires en la Legislatura Provincial, presentó la renuncia a su banca y abandonó la política.